2013年5月，曼城结束了曼奇尼的执教生涯。这位意大利名帅率队夺得1次英超冠军、1次英格兰足总杯冠军和1次社区盾杯冠军，并夺得2次英超最佳教练奖。两个月后，曾执教马拉加的佩莱格里尼接任曼城主帅。他这样描述当时的情况：“在我签约之前，我就知道他们的最终目标是瓜迪奥拉。他们跟我提过，贝吉里斯坦和索里亚诺曾在巴塞罗那与他共事。几个月前，他们告诉我，他们想找到佩普曼城 英超冠军，如果他不愿意做他们的主教练，那我就接手。”

不过那一年，瓜迪奥拉选择加盟拜仁慕尼黑，佩莱格里尼则出任曼城主教练。2013/14赛季，曼城发起英超逆袭，夺得联赛冠军。虽然杰拉德率领利物浦无缘英超冠军，但曼城在赛季末的5胜1平也成为利物浦丢掉冠军的主要原因。

2014年，曼城因违反欧足联财政公平法案被罚款4900万欧元并禁止转会曼城 英超冠军，最终未能成功卫冕英超冠军，屈居第二。2015年夏天，曼城引进德布劳内、斯特林等球员，虽然只位列英超第四，但却闯入了欧冠四强。此后，佩莱格里尼结束了在曼城三年的执教生涯，留下1个英超冠军和2个联赛杯冠军，并连续4次获得英超最佳教练奖。

佩莱格​​里尼对曼城最大的贡献之一，就是有效解决了球队更衣室问题。在曼奇尼执教时曼城 英超冠军，更衣室经常陷入内讧，但在佩莱格里尼执教下，更衣室井然有序。其次，佩莱格里尼为曼城的传控风格奠定了基础。他的改变为瓜迪奥拉后来的成功奠定了基础，如今的曼城已经成为欧洲足坛的一支劲旅，但始终珍视这位创始人的重要贡献。